Die DNUG wurde am 13. Juni 1994 in Wiesbaden durch Vertreter von 36 Unternehmen als „Deutsche Notes User Group“ gegründet. Der Aufbau eines bedeutenden Teils des Mitgliederstammes und die Koordinierung der DNUG-Aktivitäten erfolgte bis September 1995 vom Büro Augsburg.

Anschließend wurde die Organisation und Administration der DNUG durch das Büro Jena in einem Kooperationsprojekt mit der Fachhochschule Jena unter Leitung von Prof. Dr. Wolfgang F. Finke übernommen. Seit diesem Zeitpunkt führt die DNUG jährlich zwei Konferenzen durch (ab 2015: eine). 1999 fand die 10. Jubiläumskonferenz in München mit über 500 Teilnehmern statt.

Am 7. November 2011 hat sich die Anwendervereinigung durch die Mitgliederversammlung in „DNUG e.V.“ umbenannt. Eine weitere Namensänderung in „DNUG – The Enterprise Collaboration Professionals e.V“ erfolgte ein Jahr später am 7. November 2012 als Ergebnis einer intensiven strategischen Namensdiskussion. Ziel war die Ausrichtung auf allgemeine Collaboration-Produkte von unterschiedlichen Herstellern.

Mit der Neuwahl des gesamten Vorstands am 9. Juni 2015 in Dortmund ist die strategische Neuausrichtung des Vereins beschlossen worden. Die DNUG ist eine Usergroup, die sich mit den Collaboration-Produkten der IBM beschäftigt. Der Verein wurde daraufhin umstrukturiert und der Sitz mit Beginn des Jahres 2016 nach Berlin verlegt. Seit dem 17. Januar 2018 ist der Verein wieder als „DNUG e.V.“ im Vereinsregister eingetragen.